В тяжелые для страны годы Великой Отечественной войны плавучие базы были мобилизованы для выполнения военных заданий в качестве транспортов. Они обеспечивали бесперебойную работу линии США — Владивосток, в годы освобождения Сахалина и Курил доставляли десантников, перевозили раненых и боеприпасы. После войны суда вернулись к добыче рыбы и других морских ресурсов. В конце 1940-х гг. в состав крабоперерабатывающей армады входили «Второй краболов», «Пятый краболов», «Коряк», переоборудованные из транспортов плавзаводы «Алма-Ата», «Менжинский» и «Чернышевский».