В 1942-43 годах генерал-лейтенант М. А. Пуркаев – командующий Калининским фронтом. Он проявил полководческие способности в руководстве войсками в боях под Москвой в Торопецко-Холмской операции, в результате которой советские войска продвинулись до 250 км. Под его непосредственным руководством была проведена Велико-Лукская операция в 1942-1943 годах. За успешное проведение военной операции М. А. Пуркаев был удостоен ордена Кутузова 1-й степени и произведен в генерал-полковники. На Дальнем Востоке три фронта вели боевые действия. В апреле 1943 года М. А. Пуркаев по приказу Ставки Верховного Главнокомандования как один из наиболее одаренных и инициативных военачальников направлен на Дальний Восток, где принял командование 2-м Дальневосточным фронтом наряду с прославленными Маршалами СССР Р. Я. Малиновским (командующий Забайкальским фронтом) и К. А. Мерецковым (командующий 1-м Дальневосточным фронтом). После разгрома и капитуляции фашистской Германии война закончилась только в Европе. Осталась последняя союзница Германии - Япония, которая отказалась от предложенного ей перемирия. 9 августа 1945 года СССР объявил войну Японии. Находясь на должности командующего 2-м Дальневосточным фронтом, генерал армии Пуркаев проделал большую работу в подготовке и проведении операции по разгрому японских войск в Маньчжурии. Войска 2-го Дальневосточного фронта преодолели оборону противника, продвинулись в Маньчжурию глубже других фронтов (до 200 километров).