В современный период основные проблемы, имеющиеся во взаимоотношениях между Россией и Японией, так или иначе затрагивают интересы Сахалинской области. Главные из них - "территориальная проблема" и проблемы совместного рыболовства. Сахалинская область, в свою очередь, оказывает существенное влияние на развитие внешней политики между Россией и Японией.